Кожна система зворотного осмосу буде забруднена і потребуватиме очищення. Оскільки, як правило, у разі забруднення присутній не лише один забруднювач, типовий процес очищення зазвичай включає два етапи: очищення з низьким pH і очищення з високим pH.
Різні забруднення слід очищати різними миючими засобами. Лужне очищення в основному використовується для видалення мікроорганізмів або органічних забруднювачів, а кислотне очищення в основному використовується для видалення накипу. Засіб для очищення слід вибирати відповідно до типу забруднюючих речовин і типу мембрани, щоб уникнути пошкодження мембрани.
Послідовність використання миючих засобів повинна визначатися відповідно до реальних проблем. Звичайною послідовністю очищення є спочатку промивання кислотою, а потім промивання лугом.
У деяких випадках, якщо забруднення складається переважно з органічних речовин або мікроорганізмів, спочатку можна провести промивання лугом, потім промивання кислотою, а потім промивання лугом.
Важливою причиною використання лужного промивання як останнього етапу є те, що воно може повністю відкрити пори мембрани після травлення, щоб відновити потік води.
