Мембранна система заснована на безперервній роботі в якості проектної основи, але в реальній експлуатації завжди буде певна частота запуску і вимкнення.
Коли мембранна система вимкнена, пермеатну воду або попередньо очищену воду необхідно використовувати для промивання під низьким тиском, щоб замінити концентровану воду високою концентрацією, але містить інгібітор накипу з мембранного елемента. Необхідно також вжити заходів для запобігання витоку води з системи та введення повітря, оскільки може статися необоротна втрата потоку пермеату, якщо елемент втрачає воду та висихає.
Якщо час простою становить менше 24 годин, ніяких заходів для запобігання росту мікробів не потрібно. Однак, якщо час простою перевищує вищезазначені положення, слід використовувати захисну рідину для консервації системи або регулярно промивати мембранну систему.
